1926年南昌正式改市后，开始改为区、保建置。1949年解放初期为第一区、第二区，同年10月撤区。1951年8月恢复第一区、第二区。1955年4月分别称名东湖区、胜利区。1980年6月两区合并统称东湖区。1997年11月，根据南昌新城发展规划，将豫章街道办事处昌北街的5个居委会划归昌北开发区管辖。2004年9月7日，国务院批准（国函〔2004〕70号）《南昌市人民政府关于市辖区老城区行政区划调整的决定》，东湖区青山路街道办事处划归青山湖区，青山湖区的长巷、公园、七里、贤湖、永和、永溪六个行政村纳入东湖区管辖，并成立贤士湖管理处。2014年9月16日，南昌市政府印发《南昌市人民政府关于将扬子洲镇从青山湖区划归东湖区管辖的通知》〔洪府字（2014）34号〕，10月9日上午，又专门开会明确扬农管理处也一并从青山湖区划归东湖区管辖；10月24日，扬子洲镇和扬农管理处分别举行划归东湖区管辖揭牌仪式，标志着东湖区正式对扬子洲镇和扬农管理处行使管辖权。之后，东湖区行政区划保持至今。

下辖1个镇、9个街道，1个贤士湖管理处、1个扬农管理处，110个社区，17个家委会，21个行政村。